Stara cerkev je z rastjo števila Šiškarjev ob začetku 20. stoletja postala premajhna.
K načrtovanju nove cerkve sv. Frančiška Asiškega so povabili izjemnega arhitekta Jožeta Plečnika, očeta sodobne Ljubljane in njene večne lepote. V takratno predmestno šahovnico njiv je postavil dominantno stavbo z dvojnim timpanonom nad vhodom.
Cerkev je odmaknjena od Celovške ceste, a jo lahko že na daleč opaziš po prepoznavnem zvoniku. Priporočamo ogled notranjosti, ki jo je slavni arhitekt dopolnjeval do konca svojega življenja.
Samosvojo zasnovo Cerkve Sv. Frančiška Asiškega je arhitekt Jože Plečnik izpeljal iz svojega načrta za Cerkev presvetlega Srca Jezusovega v Pragi, ki jo je zgradil leta 1922. Cerkev Sv. Frančiška Asiškega je bila zgrajena v letih od 1925 do 1927. Njeno jedro, prekrito s položno streho, dopolnjuje zvonik, prizidan leta 1931. Podoba zvonika je zelo značilna. Posebej tipični sta nadstropji z vrstama stebrov povsem na vrhu, nad katerima se dviguje streha zvonika.
Glavni vhod poudarja monumentalno stebrišče z odprtim timpanonom. Notranjost cerkve je nevsakdanja. Osrednji, centralni prostor okvirja vrsta monumentalnih opečnih stebrov, za katerimi je ob stenah dovolj prostora za obhod. Veliki oltar je odmaknjen od cerkvene stene in stoji ob stebrišču. Na obeh straneh ga, prav tako postavljena ob stebre, dopolnjujeta stranska oltarja.
Pozneje, ko je cerkev že služila svojemu namenu, ji je Plečnik občasno dodajal nove elemente. Tako jo je opremil z lestenci, po drugi svetovni vojni je s pomočjo učencev uredil še kapelo Žalostne Matere božje, krstilnico in zakristijo.