Au même endroit se trouvait avant une basilique romane à trois nefs mentionnée pour la première fois en 1262. Après l’incendie de 1361, elle fut modifiée en style gothique. Faisant suite à la fondation de l’évêché de Ljubljana en 1461, plusieurs reconstructions et modifications se succédèrent et en 1469, on édifia une nouvelle église-halle baroque, en forme de croix latine, avec deux chapelles latérales.
L’architecte jésuite Andrea Pozzo en dessina les plans et la construction dura jusqu’en 1706. Au transept, une coupole fictive initiale était dessinée, la véritable ayant pu être construite seulement en 1841. Parmi les décorations baroques, outre les fresques de Giulio Qualio (1703-1706 et 1721-1723), on remarquera sous les traverses de la coupole les statues importantes des quatre évêques d’Emona, oeuvre du sculpteur Angelo Putti (1712-1713), de même que sa représentation du doyen de la cathédrale, Janez Anton Dolničar (1715), initiateur de la construction de la nouvelle cathédrale, ainsi qu’à gauche de la nef transversale les anges de l’autel de Francesco Robba (entre 1745 et 1750) et des frères Paolo in Giuseppe Groppelli (1711) à droite.
Les nombreuses oeuvres d’art de la cathédrale apparurent plus tard. La coupole, peinte en 1844 par Matevž Langus, est intéressante. Parmi les ajouts remarquables réalisés au XXe s. notons le portail principal réalisé par le sculpteur Tone Demšar à l’occasion des 1250 ans du christianisme et représentant l’histoire de la Slovénie, ainsi que la porte latérale avec les portraits des évêques, oeuvre du sculpteur Mirsad Begić.